在該地區被視為重要植物的 57 種中,有 27 種被列入環境省紅色名錄
有 48 種 魚類(例如南日本稻田魚 / South Japanese rice fish)被列入環境省紅色名錄。其中鱟被稱為「活化石」,棲息在杵築市的守江灣水域的鱟魚,是國東半島的標誌性物種之一。
該地區登記了 32 種爬行和兩棲動物,其中 12 種 在環境省紅色名錄上。代表物種: 大分山椒魚 或 日本大鯢(俗稱大山椒魚),後者被列為滅絕危險性大的物種。